第一百八十三章 老裘,你的病有救啦(5.4K)(2/3)
不包括病毒。
他是应用生物分类阶层——也就是生物课本里学过的界门纲目科属种的数量趋势，推估出出来的这个数字/content/113/21/5970）
例如某动物门10纲100目1000科10000属100000种，同时不同类群的分类阶层数量有相似的趋势，且高阶分类相对于种较稳定。
因此经过一系列的模拟，最终可推估得到较可信的总物种数。
CaloMora教授的这篇论文是目前全球被引用次数最多的统计文稿之一，也算是个比较权威的推论了。
870万对比200万。
因此在青苔之中发现某种甚至多种微生物的存在，徐云真的一点儿都不惊讶。
随后他沉思片刻，对裘生道：
“老裘，先做16S相似度检测吧。”
裘生点点头，飞快的带上套...手套，说道：
“行，我立马就做。”
一般来说。
如果是培养皿培育出的菌株，检测或者对比的难度往往都不高。
但对象若是自然界富集的样本，操作起来就比较麻烦了。
徐云所说的16S相似度检测，指的是核糖体小亚基的RNA组分检测。
也就是16SrRNA。
这部分长度大约1500nt，不同物种略有差异，算是目前主流的九大新物检测步骤之一。
五分钟后。
裘生抬起头，对徐云道：
“老徐，准备好了，引物你觉得用啥？”
徐云想了想，很快道：
“1492R吧。”
“好嘞！”
半个小时后。
裘生抬起头，打了个响指：
“搞定，扩出来了，BLAST的密匙你有吧？”
徐云朝他竖起一根大拇指示意干得漂亮，随后走到操作台边，噼里啪啦的输了一大串密匙。
做过新种检测的同学应该都知道。
16S相似度检测的界限其实有些模糊，因为不同分类群的检测相似度阈值是不一样的。
比如有的是97，有的是99。
只是在通常情况下。
相似度超过97的，就可以认为是一个物种。
相似度低于97的，就可以认为是不同物种，进行下一阶段检测。
不过就是这样一种不太精细的检测手段，却依旧是很多新物检测迈不过去的一道坎：
大部分样本在经过检测之后，都会发现相似度在99.99以上，与其他某某微生物是同一物种。
总而言之。
这项技术在定属方面还是靠谱的。
又过了一会儿。
裘生一脸惊喜的抬起头，声音骤然拔高了几分：
“老徐，相似度46.9，46.9！！”
“毫无疑问，这是一类新物！”
徐云认真的看了他一眼，确认道：
“只有一种新物吗？”
“没错，只有一种！”
徐云若有所思的点点头，又道：
“那就继续上磷脂脂肪酸和呼吸醌鉴定吧。”
众所周知。
新物鉴定一般都有九个流程：
1、16S相似度。
2、形态学观察。
比如这个菌的形状、大小、鞭毛情况等等，还包括最适生长条件的确定。
3、磷脂脂肪酸鉴定，这个具有属特异性。
4、呼吸醌，也就是看一下占优势的呼吸醌是哪种，这个有种特异性。
5、分子杂交，也就是测定基因组序列，草图就行，然后跟近源物种去比较。
相似度超过70是一个种，低于70是不同物种。
6、碳源利用情况，看一下能利用哪些碳源，一共有95种碳源的测试。
7、API试剂盒鉴定，生理生化鉴定的一方面。
8、GC含量。
9、革兰氏染色。
大概经过这些方面的检查，就可以确定是不是新种了。（注：不知道这样写的比较详细大家愿不愿意看？这种详细流程应该没有其他书写过，找人问其实很麻烦的，要是还被嫌水下次我就不写了）
其中第五个流程，也就是分子杂交这次可以直接忽略——毕竟第一部测出来的46.9实在是差距太明显了。
考虑到时间问题，徐云将几个步骤逐一分工，由几位工具人...咳咳，课题组成员同步进行。
五个小时后。
一道最终报告出炉了。
“节丛孢属的一类全新微生物，1000倍油镜下可观察到形态，体外具备大量假丝。”
“这种假丝可以分离，与目标结合完成某种化合反应，这是...秃头攻击？”
“一片青苔中可以高密度富集8000单位的极少量新物，特性上与嗜酸乳杆菌有一定类似...嗯？”
随后看着其中的一栏报告，徐云有些疑惑的抬起头，对裘生问道：
“老裘，新物对食物残渣的净化效果最为明显？”
裘生点了点头，指着不远处的一个培养皿道：
“经过我们的初步检测，这种新型微生物可以有效遏制残渣中氨气、有机酸和硫化物的生成。”
“并且对奈瑟氏菌和厌氧链球菌之类的细菌，有着极强的杀伤力。”
徐云微微一愣：
“奈瑟氏菌和厌氧链球菌？”
不过很快，他便反应了过来：
这两种西军，都是人体唾液和牙龈
他是应用生物分类阶层——也就是生物课本里学过的界门纲目科属种的数量趋势，推估出出来的这个数字/content/113/21/5970）
例如某动物门10纲100目1000科10000属100000种，同时不同类群的分类阶层数量有相似的趋势，且高阶分类相对于种较稳定。
因此经过一系列的模拟，最终可推估得到较可信的总物种数。
CaloMora教授的这篇论文是目前全球被引用次数最多的统计文稿之一，也算是个比较权威的推论了。
870万对比200万。
因此在青苔之中发现某种甚至多种微生物的存在，徐云真的一点儿都不惊讶。
随后他沉思片刻，对裘生道：
“老裘，先做16S相似度检测吧。”
裘生点点头，飞快的带上套...手套，说道：
“行，我立马就做。”
一般来说。
如果是培养皿培育出的菌株，检测或者对比的难度往往都不高。
但对象若是自然界富集的样本，操作起来就比较麻烦了。
徐云所说的16S相似度检测，指的是核糖体小亚基的RNA组分检测。
也就是16SrRNA。
这部分长度大约1500nt，不同物种略有差异，算是目前主流的九大新物检测步骤之一。
五分钟后。
裘生抬起头，对徐云道：
“老徐，准备好了，引物你觉得用啥？”
徐云想了想，很快道：
“1492R吧。”
“好嘞！”
半个小时后。
裘生抬起头，打了个响指：
“搞定，扩出来了，BLAST的密匙你有吧？”
徐云朝他竖起一根大拇指示意干得漂亮，随后走到操作台边，噼里啪啦的输了一大串密匙。
做过新种检测的同学应该都知道。
16S相似度检测的界限其实有些模糊，因为不同分类群的检测相似度阈值是不一样的。
比如有的是97，有的是99。
只是在通常情况下。
相似度超过97的，就可以认为是一个物种。
相似度低于97的，就可以认为是不同物种，进行下一阶段检测。
不过就是这样一种不太精细的检测手段，却依旧是很多新物检测迈不过去的一道坎：
大部分样本在经过检测之后，都会发现相似度在99.99以上，与其他某某微生物是同一物种。
总而言之。
这项技术在定属方面还是靠谱的。
又过了一会儿。
裘生一脸惊喜的抬起头，声音骤然拔高了几分：
“老徐，相似度46.9，46.9！！”
“毫无疑问，这是一类新物！”
徐云认真的看了他一眼，确认道：
“只有一种新物吗？”
“没错，只有一种！”
徐云若有所思的点点头，又道：
“那就继续上磷脂脂肪酸和呼吸醌鉴定吧。”
众所周知。
新物鉴定一般都有九个流程：
1、16S相似度。
2、形态学观察。
比如这个菌的形状、大小、鞭毛情况等等，还包括最适生长条件的确定。
3、磷脂脂肪酸鉴定，这个具有属特异性。
4、呼吸醌，也就是看一下占优势的呼吸醌是哪种，这个有种特异性。
5、分子杂交，也就是测定基因组序列，草图就行，然后跟近源物种去比较。
相似度超过70是一个种，低于70是不同物种。
6、碳源利用情况，看一下能利用哪些碳源，一共有95种碳源的测试。
7、API试剂盒鉴定，生理生化鉴定的一方面。
8、GC含量。
9、革兰氏染色。
大概经过这些方面的检查，就可以确定是不是新种了。（注：不知道这样写的比较详细大家愿不愿意看？这种详细流程应该没有其他书写过，找人问其实很麻烦的，要是还被嫌水下次我就不写了）
其中第五个流程，也就是分子杂交这次可以直接忽略——毕竟第一部测出来的46.9实在是差距太明显了。
考虑到时间问题，徐云将几个步骤逐一分工，由几位工具人...咳咳，课题组成员同步进行。
五个小时后。
一道最终报告出炉了。
“节丛孢属的一类全新微生物，1000倍油镜下可观察到形态，体外具备大量假丝。”
“这种假丝可以分离，与目标结合完成某种化合反应，这是...秃头攻击？”
“一片青苔中可以高密度富集8000单位的极少量新物，特性上与嗜酸乳杆菌有一定类似...嗯？”
随后看着其中的一栏报告，徐云有些疑惑的抬起头，对裘生问道：
“老裘，新物对食物残渣的净化效果最为明显？”
裘生点了点头，指着不远处的一个培养皿道：
“经过我们的初步检测，这种新型微生物可以有效遏制残渣中氨气、有机酸和硫化物的生成。”
“并且对奈瑟氏菌和厌氧链球菌之类的细菌，有着极强的杀伤力。”
徐云微微一愣：
“奈瑟氏菌和厌氧链球菌？”
不过很快，他便反应了过来：
这两种西军，都是人体唾液和牙龈
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